生物實驗室的危害及防護措施是每個實驗室作業人員進入前所必須掌握的知識，生物實驗室的危害主要包括刺傷、切割傷或擦傷、食入感染性物質、氣溶膠釋放、容器破碎感染、離心管破裂以及火災和自然災害等。為保證每個實驗室人員操作安全，所有作業人員必須做好個人防護。
一、刺傷、切割傷或擦傷
受傷人員應當脫下防護服，清洗雙手和受傷部位，使用適當的皮膚消毒劑，必要時進行醫學處理。要記錄受傷原因和相關的微生物，并應保留完整適當的醫療記錄。
二、食入感染性物質
應脫下受害人的防護服并進行醫學處理。要報告食入材料的鑒定和事故發生的細節，并保留完整適當的醫療記錄。
三、氣溶膠釋放
所有人員必須立即撤離相關區域，任何暴露人員都應接受醫學咨詢。應當立即通知實驗室負責人和生物安全官員。為了使氣溶膠排出和使較大的粒子沉降，在一定時間內嚴禁人員入內。
如果實驗室沒有中央通風系統，則應推遲進入實驗室。應張貼“禁止進入”的標志。過了相應時間后，在生物安全官員的指導下來清除污染。應穿戴適當的防化服和呼吸保護裝備（如3M防毒面具、動力送風呼吸器等）。
四、容器破碎感染
應當立即用布或紙巾覆蓋受感染性物質污染或受感染性物質溢灑的破碎物品。然后在上面倒上消毒劑，并使其作用適當時間。然后將布、紙巾以及破碎物品清理掉；玻璃碎片應用鑷子清理。然后再用消毒劑擦拭污染區域。
如果用簸箕清理破碎物，應當對他們進行高壓滅菌或放在有效的消毒液內浸泡。用于清理的布、紙巾和抹布等應當放在盛放污染性廢棄物的容器內。在所有這些操作過程中都應戴防割手套。
如果實驗表格或其他打印或手寫材料被污染，應將這些信息復制，并將原件置于盛放污染性廢棄物的容器內。
五、離心管破裂
如果機器正在運行時發生破裂或懷疑發生破裂，應關閉機器電源，讓機器密閉使氣溶膠沉積。如果機器停止后發現破裂，應立即將蓋子蓋上，并密閉。發生這兩種情況時都應通知生物安全官員。隨后的所有操作都應戴結實的手套（如防割手套），必要時可在外面戴適當的一次性手套。
當清理玻璃碎片時應當使用鑷子，或用鑷子夾著的棉花來進行。所有破碎的離心管、玻璃碎片、離心桶、十字軸和轉子都應放在無腐蝕性的、已知對相關微生物具有殺滅活性的消毒劑內。未破損的帶蓋離心管應放在另一個有消毒劑的容器中，然后回收。
離心機內腔應用適當濃度的同種消毒劑擦拭，并再次擦拭，然后用水沖洗并干燥。清理時所使用的全部材料都應按感染性廢棄物處理。在可封閉的離心桶（安全杯）內離心管發生破裂，所有密封離心桶都應在生物安全柜內裝卸。如果懷疑在安全杯內發生破損，應該松開安全杯蓋子并將離心桶高壓滅菌。另一種方法是，安全杯可以采用化學消毒。
六、火災和自然災害
在制定的應急預案中應包括消防人員和其他服務人員。應事先告知他們哪些房間有潛在的感染性物質。要安排這些人員參觀實驗室，讓他們熟悉實驗室的布局和設備，這都是十分有益的。
發生自然災害時，應就實驗室建筑內和∕或附近建筑物的潛在危險向當地或國家緊急救助人員提出告。只有在受過訓練的實驗室工作人員的陪同下，他們才能進入這些地區。感染性物質應收集在防漏的盒子內或結實的一次性袋子中。由生物安全人員依據當地的規定決定繼續利用或是最終丟棄。
